1985年，九三学社社员陈辽初（高级工程师）从湖北武汉调到东莞工作，成为东莞的第一个九三学社社员，但当时东莞没有九三学社组织，他只能挂靠在九三学社广东省委员会的直属支社参加组织活动。之后，何倩芳从广州调到东莞工作，临来莞前，时任九三学社广东省委员会主委黄友谋与之谈话表示，九三学社在东莞还没有组织，希望她到东莞后能作为种子在东莞发展社员，成立组织。

1988年7月，成立九三学社广东省委员会东莞市直属小组，当时共有成员6人，李仁诚任组长、刘哲健任副组长。

1989年3月，成立九三学社广东省委员会东莞市支社，李仁诚任主任委员、刘哲健、汪汉超为支委委员。

1992年5月，召开东莞支社第二次全体大会，选举产生第二届支委，李仁诚继任主任委员、刘哲健、汪汉超继任委员。

1997年8月，成立九三学社东莞市委员会筹备委员会，吴泽荫任筹委会主任委员，汪汉超、邓裕宗任筹委会副主任委员。同年，成立第一支社（科教文卫支社）、第二支社（电子及建筑支社）、第三支社（机械支社）。第一支社主委邓裕宗、副主委护连周；第二支社主委刘哲健、副主委谢俊；第三支社主委汪汉超、副主委冯石周。

1999年3月15日，成立九三学社东莞市委员会，吴泽荫任主任委员，汪汉超、邓裕宗任副主任委员。

2002年，召开九三学社东莞市第二次全体大会，吕兢任第二届主任委员，何镜清、王旭珍任第二届副主任委员。

2006年，召开九三学社东莞市第三次全体大会，吕兢任第三届主任委员，何镜清、王旭珍任第三届副主任委员。同年，重新调整划分支社，成立综合一支社、综合二支社、三支社、理工学院支社和医疗卫生支社。

2011年，召开九三学社东莞市第四次全体大会，吕兢任第四届主任委员，何镜清、王旭珍、周爱军任第四届副主任委员。同年，顺利完成五个支社的换届。